合并后的宅基地不能办两份房屋确权证。根据《不动产登记暂行条例》，不动产登记以“一物一权”为原则，合并后的宅基地视为一物，只能办理一份不动产登记证。若不及时处理，可能导致产权不清，引发法律纠纷。
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不能办两份证。操作如下：1.若两户已合并宅基地，需共同申请不动产登记证；2.如需分割，先协商或通过法律程序确定各自份额；3.根据份额，向不动产登记机构申请相应登记，确保产权清晰。
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合并宅基地后，常见的处理方式是办理一份不动产登记证。若两户人口有分割需求，可通过法律途径明确产权份额，再依据份额办理相应登记。选择处理方式时，需考虑家庭实际情况和法律要求。