公积金公司应缴纳的部分让员工承担是不合法的。依据法律规定，用人单位必须为员工缴纳公积金，这是用人单位的责任，不能转嫁到员工身上。如果公司违反规定，可能会面临法律责任。
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员工在遇到公积金缴纳问题时应首先与公司进行沟通协商，要求公司依法缴纳公积金。如果沟通无果，员工可以向相关部门投诉或者寻求法律援助，维护自己的合法权益。
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公积金公司应缴部分让员工承担是不合法的行为。员工应当：1. 与公司明确公积金缴纳责任；2. 在沟通无果后，收集相关证据；3. 向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；4. 若有必要，也可寻求律师的帮助提起诉讼，捍卫自己的权益。